Cobresal comienza el campeonato de Clausura 2009 con un objetivo claro, no descender, el campeonato era difícil y los jugadores lo saben. Las bajas se hacen presentes, las bajas de Cobresal empezaron a sucederse de tal manera que Cristian Ríos, Carlos Alzamora, Jorge Lagunas y Rony Pérez, abandonan el club.
Llegan a Cobresal para este torneo el paraguayo Juan Cabral, Michael Godoy, Diego Martiñones, Claudio Calderón, y un viejo conocido, Iván Guillauma.
La tarea no era fácil y Cobresal debía sumar la mayor cantidad de puntos para salir de puestos de promoción y descenso directo.
10 de julio: Cobresal inicia su participación del torneo de Clausura 2009 en el Estadio El Teniente, O’Higgins venció con goles de Acevedo y Teuber a Cobresal en la primera fecha del campeonato de clausura.
19 de Julio: Cobresal logro rescatar un punto en un difícil partido frente a Universidad Católica en donde desde los 40 minutos se quedo con 10 jugadores por la expulsión de Hugo Díaz. El gol minero fue de Nicolas Canales.
22 de Julio: NEVAZÓN EN EL SALVADOR. La ciudad amanece totalmente nevada, la cancha del estadio El Cobre estaba totalmente cubierta por nieve y entrenar en ella provocaría su deterioro. A pesar de esto, Cobresal no suspendió su entrenamiento en doble jornada. Durante la mañana realizó trabajo físico en el gimnasio y por la tarde se trasladaron hasta el Estadio Techado San Lorenzo. Cobresal posteriormente se traslada a Chañaral a entrenar para preparar su partido frente a Unión Española en Santiago.
26 de Julio: Con gol de Mario Aravena, Cobresal cae derrotado por la cuenta mínima en Santiago. A pesar de jugar mejor que Unión Española el cuadro minero cae y solo suma 1 punto.
2 de Agosto: Gracias al gol de Iván Guillauma, la figura del partido, Cobresal logra un importante triunfo contra su clásico rival, Cobreloa, que no se le podía ganar en Calama hace 22 años.
9 de Agosto: Con goles de Nicolas Canales y Michael Godoy Cobresal logra su primera victoria como local, retomando la senda del triunfo en casa ganando por 2 goles a 0.
16 de Agosto: Cobresal no puede mantener la senda de triunfos y solo empata 0 a 0 contra ñublense de local. El equipo minero solo suma 8 puntos y el fantasma de la liguilla está cerca.
22 de Agosto: En el estadio de Chillán, Huachipato hace de local por la remodelación de su estadio. Cobresal jugando bien pierde por 2 tantos a 1. El descuento minero fue de Nicolas Canales.
30 de Agosto: Con 10 jugadores desde el minuto 29 Cobresal logró superar por 3 a 1 a Santiago Morning, con goles de Diego Martiñones, Nicolás Canales e Iván Guillauma.
2 de septiembre: Jugando un correcto partido, el cuadro dirigido por José Cantillana goleó sin problemas por 4-0 a los copiapinos en Chañaral y avanzó a la siguiente etapa de la Copa Chile. Los goles mineros fueron obra de Daniel Aguilera, Lino Maldonado y Juan Cabral en dos oportunidades.
13 de Septiembre: Mostrando un buen futbol y siendo el dominador de gran parte del partido, el cuadro albinaranja cae dolorosamente en su visita a Curicó donde el mayor responsable del resultado fue el árbitro José Henríquez, equivocándose en todo el partido en contra del cuadro minero que a la postre termino perdiendo un encuentro sin merecerlo. El descuento minero fue de Ángelo Alvarado.
20 de Septiembre: Cobresal pierde frente a Palestino con un impecable tiro libre de Héctor Tapia en el Estadio El Cobre de El Salvador, este resultado complica la posición en la tabla acumulada, puesto que a mitad de semana hay fecha, a Cobresal le correspondía jugar con U. De Chile, pero su partido fue reprogramado para el 11 de octubre y si se dan algunos resultados se podría quedar en descenso automático.
27 de Septiembre: Cobresal golea en el estadio el Cobre de El Salvador con goles de Diego Martiñones, Michael Godoy y Anyelo Alvarado, Cobresal logro imponerse sobre U. de Concepción por 3 a 0.
3 de Octubre: En su visita a La Serena, Cobresal cae por 3 goles a 2 frente al local, los goles mineros fueron obra de Anyelo Alvarado y Michael Godoy.
6 de Octubre: Cobresal se mantuvo en la cuarta región para afrontar su partido por Copa Chile frente a Coquimbo Unido, por los octavos de final del torneo. Fue derrota e eliminación frente al cuadro pirata con solitario gol de Mario Núñez.
11 de Octubre: En el partido pendiente de la fecha 11, Cobresal empata 1 a 1 frente a Universidad de Chile, partido jugado en el Estadio Municipal de la Florida. El gol minero fue de Diego Martiñones.
18 de Octubre: Cobresal logra una gran victoria en su lucha para no descender, venciendo por 2 goles a 0 a Everton de Viña del Mar. Los goles mineros fueron de Huego Díaz y Lino Maldonado. En un gran partido Cobresal salió de la zona de descenso.
24 de Octubre: En la lucha por no descender, Cobresal empata un partido valioso en condición de visita frente a Deportes Iquique. El cotejó terminó con un empate 1 a 1, con gol de Iván Guillauma.
31 de Octubre: A dos fechas del término del campeonato, Cobresal cae frente a Colo Colo que no nos derrotaba en El Salvador desde el año 2004, pero es historia se rompió el 2009 con la victoria de los albos por 0 a 2. Cobresal ahora depende de esperar los resultados para saber si la próxima fecha depende de sí mismo, o tendrá que sacar la calculadora para evitar la liguilla. A la fecha Cobresal suma 20 puntos.
8 de Noviembre: En un sufrido partido, el equipo de Cobresal logra sacar un empate contra Audax Italiano, consiguiendo el objetivo de quedar en la división de honor del futbol chileno, esto gracias a una serie de resultados de los otros equipos que igualmente luchaban por no descender o disputar liguilla de promoción.
