Para la segunda parte de la temporada, a Cobresal llegan Dalcio Giovagnoli (DT), Rodrigo Ureña (volante) y Javier Grbec (delantero, argentino).
16 de enero: Se inicia el campeonato de Clausura, los “mineros” visitan a San Luis de Quillota en el estadio Lucio Fariña, el resultado es un empate 0 a 0.
24 de enero: Se vuelve a conseguir un empate 0 a 0, ahora en calidad de local frente a San Marcos de Arica.
30 de enero: Colo Colo derrota por la cuenta mínima a Cobresal en el estadio Monumental, el gol para el local lo anotó Luis Pedro Figueroa al minuto 88.
6 de febrero: Cobresal cae como local 2 a 3 frente a Palestino en El Cobre, los goles para los “albinaranjas” fueron anotados por Johan Fuentes (31’) y Luis “Larry” Valenzuela (90’+4’).
11 de febrero: Se conoce el otro rival del grupo 8 de la Copa Libertadores, será el equipo colombiano Independiente Santa Fe que derrotó a Oriente Petrolero con un global de 6 a 1.
13 de febrero: Dalcio Giovagnoli consigue su primer triunfo desde su retorno al banco “minero” al derrotar 1 a 0 a Universidad de Concepción en El Cobre con solitario gol de Víctor Hugo Sarabia al minuto 55.
17 de febrero: El Salvador se viste de fiesta producto del regreso de Cobresal a la Copa Libertadores, el debut en la edición 2016, recibe a S.C Corinthians en el estadio El Cobre ante 3.116 espectadores y con el arbitraje del uruguayo Andrés Cunha. El resultado fue derrota frente al campeón brasileño por la cuenta mínima con un autogol de Miguel Escalona al minuto 90’+1’. Con este resultado los “legionarios” pierden su invicto de 30 años en la Copa Libertadores después de quedar eliminado en calidad de invicto en la edición 1986.
21 de febrero: Dragones y Mineros empatan 1 a 1 en el estadio Tierra de Campeones, con goles de Luis Bustamante a los 56’ y el empate para los “albinaranjas” fue anotado por Carlos Oyaneder (75’).
25 de febrero: Se juega el segundo partido por el grupo 8 de la Copa Libertadores, Cobresal visita a Cerro Porteño en el estadio Defensores del Chaco, en donde el ciclón del barrio obrero derroto 2 a 1 a los “legionarios”, para el equipo paraguayo anotó Jonathan Santana a los 49, aumento el marcador Luís Leal a los 51, el descuento para los dirigidos de Giovagnoli llego a los 61 con gol de Lino Maldonado tras un error en la defensa, Maldonado se saca al arquero y anota.
28 de febrero: En El Cobre se juega la fecha 7 del campeonato de Clausura, Cobresal recibe a Universidad de Chile y cae por 1 a 4, el único tanto para los “cupríferos” fue convertido por Carlos Oyaneder en el minuto 10.
5 de marzo: Santiago Wanderers derrota 3 a 1 a los pupilos de Giovagnoli en el estadio Elías Figueroa de Valparaíso, el único gol para Cobresal fue obra de Javier Grbec desde lanzamiento penal en el minuto 50.
9 de marzo: Por Copa Libertadores, Cobresal recibe a Independiente Santa Fe en el estadio El Cobre de El Salvador ante más de 1.500 personas y con arbitraje del ecuatoriano Roddy Zambrano. El equipo visitante logró ganar 1 a 2, se abre la cuenta con un autogol de Patricio Jerez en el minuto 16, Sebastián Salazar aumenta el marcador para el equipo colombiano al minuto 33. Cuando ya terminaba el partido, Johan Fuentes saca un centro y aparece con golpe de cabeza el juvenil Israel Poblete para poner el descuento en el minuto 89.
12 de marzo: Se visita a Audax Italiano en el estadio Bicentenario de La Florida en donde se consigue un triunfo por la cuenta mínima con gol de Aaron Villagra después de conectar el centro de Carlos Oyaneder con golpe de cabeza.
15 de marzo: En el estadio Campín de Bogotá, Santa Fe recibe a Cobresal por la fecha 4 de la fase de grupo de la Copa Libertadores. El equipo colombiano derroto a los “mineros” 3 a 0 ante 12.187 personas y con el arbitraje del boliviano Óscar Maldonado. Para el equipo “cardenal” anotaron Jonathan Gomez (7’ y 39’) y William Tesillo.
20 de marzo: Cobresal y Unión La Calera empatan 0 a 0 por la fecha 10 del campeonato nacional.
3 de abril: Por la fecha 11, Universidad Católica recibe a Cobresal en San Carlos de Apoquindo, el resultado es favorable para los “cruzados” 1 a 0, el gol lo anotó Nicolás Castillo al minuto 9.
9 de abril: Los dirigidos por Dalcio Giovagnoli derrotan 3 a 2 a Huachipato en el estadio El Cobre, para los mineros anotaron Iván Sandoval (22’ y 56’) y Carlos Oyaneder (34’), los descuentos para el equipo “acerero” lo anotaron Romulo Otero (19’) y Alfonso Parot (59’).
13 de abril: En el marco de la fecha 5 de la fase de grupo de la Copa Libertadores, con arbitraje del boliviano Raúl Orosco, Cobresal consigue un histórico triunfo 2 a 0 sobre Cerro Porteño en el estadio El Cobre, para los “legionarios” anotaron Lino Maldonado (85’) y Patricio Jerez (90’+4’).
16 de abril: Se cae 2 a 1 frente a Deportes Antofagasta en el estadio Calvo y Bascuñán de Antofagasta, el descuento para Cobresal lo anotó Iván Sandoval al minuto 87.
20 de abril: Se juega el ultimo partido del grupo 8, Corinthians recibe a Cobresal en el estadio Arena Corinthians y con arbitraje del ecuatoriano Carlos Obre. El “timao” derroto por 6 a 0 a los “legionarios”, en donde anotaron Marlone (8’ y 38’), Romero (12’ y 76’), Arana (44’) y Elias (74’).
Cobresal cierra su segunda participación en Copa Libertadores en la ultima posición del grupo 8 con 3 punto en 6 partidos disputados, en donde se consiguió 1 triunfo y 5 derrotas, 4 goles a favor y 14 en contra, diferencia de -10.
24 de abril: En la penúltima fecha del campeonato nacional, Cobresal cae derrotado 2 a 3 frente a O’Higgins en el estadio El Cobre, los goles para Cobresal fueron de Iván Sandoval (18’) y Víctor Hugo Sarabia de penal (72’).
28 de abril: En la ultima fecha, Cobresal logra sellar la permanencia en la división de honor del fútbol chileno después de empatar 1 a 1 con Unión Española en el estadio Santa Laura Universidad Sek, el gol para los “legionarios” fue anotado por Lino Maldonado al minuto 25.
En el Clausura se termina en la posición 14 con 14 puntos en 15 partidos disputados, en donde se consiguieron 3 triunfos, 5 empates y 7 derrotas, 14 goles a favor y 21 en contra, diferencia de -7.
Mientras que en la tabla general (Apertura y Clausura 2015-2016) Cobresal terminó en la ubicación 13, con 32 puntos en 30 partidos, 9 partidos ganados, 5 empates, 16 derrotas, 37 goles a favor, 49 en contra, diferencia -12.
